В нём расположены 21 учебный кабинет, музей и центр детских инициатив. В спортивном блоке есть два зала, а на улице созданы условия для активных занятий: футбольное поле, беговая дорожка и площадки для игр и сдачи ГТО.
Также предусмотрены кабинет врача и процедурный кабинет для медицинского обслуживания.
Кроме того, здание оборудовано для детей с ограниченными возможностями здоровья: установлены лифты, пандусы, а в каждом классе предусмотрены специальные места.
В школе № 46 ведут профильное обучение ребят 10-х и 11-х классов по пяти направлениям: физико-математическому, гуманитарному, естественно-научному, социально-экономическому и социально-правовому.